Los loci genéticos (ubicación de los genes) analizados contienen secuencias de ADN conocidas como repeticiones cortas en tándem (STR), unidades cortas y repetidas de ADN. Para cada persona, el número de repeticiones presentes en cada locus genético es variable y se hereda de sus padres biológicos. Para cada locus genético, cada persona tiene dos marcadores genéticos o alelos (formas alternativas de la secuencia de ADN): un alelo se hereda de su madre biológica y otro alelo se hereda de su padre biológico.
El informe de resultados del test de ADN enumera los tamaños de los alelos (número de repeticiones) para la madre (si se hace el test), el niño y el supuesto padre en cada locus genético. Al evaluar a la madre, podemos determinar qué alelo heredó el niño por vía materna. Por tanto, el alelo que el niño recibió de su padre biológico (llamado alelo paterno obligado) puede determinarse restando la contribución de la madre al ADN del niño.
Si el presunto padre no posee el alelo paterno obligado en tres o más loci genéticos, entonces se lo excluye (descarta) como padre biológico.
Si solo se examinan al niño y al presunto padre, y no comparten ningún alelo en común en tres o más loci, también se excluye al presunto padre.
Cuando el presunto padre posee los alelos paternos obligados o posibles en todos los loci probados, no se lo excluye (no se descarta) como padre biológico. Con base en estos hallazgos genéticos, se calcula y se informa una probabilidad de paternidad.
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